2306 год. Прошло 12 лет с тех пор, как капитан Джеймс Т. Кирк пропал в Нексусе, спасая команду «Энтерпрайза-Би». К сожалению, спустя год, пути членов экипажа «Энтерпрайза» разошлись. И лишь спустя 40 лет после первого полета «Энтерпрайза» под командованием капитана Кирка, Павел Чехов и Ухура вместе с бывшим капитаном «Энтерпрайза-Би» Джоном Харриманом, пускаются в опасное приключение, навсегда изменившее их жизни.