Во время миссии по поимке хорька на Сакуру, Сикамару и Наруто нападают неизвестные ниндзя. Наруто, разлучённый со своей группой, узнает о силе, которая не имеет ничего общего с Чакрой, и о древней исчезнувшей цивилизации. После воссоединения со своими товарищами, Наруто вынужден начать борьбу за спасение всего мира.